Se a ideia é levar dados pessoais no pen drive, criptografia é fundamental. Há várias opções para isso. Uma delas é o ótimo TrueCrypt, que cria uma área criptografada no disco. O programa permite definir duas senhas: uma que libera tudo e outra que desembaralha apenas um conjunto definido de arquivos. A segunda senha é usada no caso de algum agressor obrigar o dono do pen drive a decifrar conteúdo.

O ponto fraco do TrueCrypt é que ele exige uma conta de administrador para rodar, algo difícil em cibercafés, por exemplo. Um programa que não tem essa exigência é o Rohos Mini Drive. Ele permite criar uma partição escondida e criptografada com algoritmo AES de 256 bits. O software ainda pode travar o conteúdo com uma combinação de teclas e usar o pen drive como requisito para entrar no sistema.