Em Megaman vs Metroid, Megaman é deixado no mundo de Metroid para sua mais nova missão: defender Samus Aran. Ajude-o a completar os objetivos da missão eliminando todos os vilões do mundo de Metroid, e coletando os bônus de energia, avançando com cuidado pelo terreno perigoso.
Megaman poderá contar com diversos itens de força e poder para combater, que farão diferença para concluir suas missões com sucesso. Estas incluem combater todos os vilões da saga Metroid. O herói não conseguirá chegar até a princesa antes que essas outras missões sejam cumpridas. A qualidade dos gráficos deixa muito a desejar em relação a jogos mais modernos, mas não há como negar que esse é um clássico. Os controles são bastante intuitivos, não há dificuldade para executá-los, são frente, trás, baixo, pulo e tiro. O jogador deve estar atento ao inimigo, porque o azulzinho não consegue atirar em muitas direções, então ele terá que ser rápido para não ser pego de surpresa.
Uma parte chata ocorre durante a instalação do jogo: você deverá estar atento à tela da instalação como mostrada abaixo, porque foi incluída a opção de instalação da barra de ferramentas do Mario Forever. Se não quiser instalar, você deverá desmarcar a caixa referente a ela para só depois continuar a instalação.
O jogo tem alguns problemas, você poderá se sentir desorientado em alguns momentos por causa do grande número de caminhos para se chegar ao mesmo lugar, então em alguns momentos a interação estará comprometida. Em alguns pontos você terá de prestar atenção ao ponto onde está para descobrir qual é o melhor caminho para atingir seu objetivo. Seja eficiente em guiar nosso herói azul.