Logo após aterrisar em terras estrangeiras, você percebe que centenas de seus homens foram reduzidas a dezenas. Em Quake II você deverá controlar um dos sobreviventes e eliminar toda a ameaça alienígena e demoníaca enquanto luta pela sobrevivência sua e de toda sua raça e, assim, salvar o destino da humanidade de uma vez por todas!

Quake II é um jogo 3d de tiro em primeira pessoa que se passa em uma base, o jogo se passa em um futuro longinco, O planeta Terra está sendo invadida pela civilização Stroggos (Espécie alienigena cibernética da região). 

O jogador (um soldado humano apelidado de "Bitterman") integra parte da 'Operação Alien suprema' uma desperada para proteger a terra da Invasão Alien lançando um contra ataque no planeta natal da civilização hostil Strogg. O jogo se passa no planeta natal dos Stroggos.

Os gráficos poligonais, acompanhado dos efeitos de luz e sonoros revolucionaram os jogos da época, servindo de base pra modelação de jogos mais recentes. O modo multijogador foi um dos pontos mais marcantes, travando intensas batalhas no modo deatmatch, team, entre outros (aprimorados e lançados depois em um jogo exclusivo chamado Quake III- Arena).