Brick Over Islands é um jogo de puzzle, onde o principal objetivo é ganhar os 30 níveis de jogo. A cada fase você deve empurrar caixas em conjunto para que eles formem um padrão que é mostrado na tela. Em algumas das caixas os níveis estão espalhados entre diferentes ilhas e você ainda tem de empurrar-los a partir de uma ilha para outra.
Além disso, não há saltando de ilha para ilha e você não pode nadar ou você se afoga. Só é permitido reiniciar o nível 3 e, em seguida, o jogo termina.