Megaman pensava que finalmente suas aventuras acabariam após a derrotar de Samiron em Megaman 2 Final. Mas ele estava errado. Um por um, seus amigos estavam desaparecendo: Cassius, Amber e Ruby Garnet, além do poderoso robô conhecido como Megabot.
Eles foram levados por um homem que, secretamente, tinha observando e estudando Megaman desde o início de sua aventura. Um cientista chamado Dr. Arthur Yurikov. Agora, depois de todos esses anos, ele havia construído oito de seus mestres robôs, e estava pronto para assumir o comando de Megaman.
Este é o final da série “Final” de Megaman chamada Megaman final 3 - The Legacy Lives On. A continuação vem demostrando ser um game bem melhor que o 2. Nesta nova aventura de um dos clássicos da plataforma, o jogador terá que enfrentar os mesmos desafio que os jogos da série anterioremente: deverá pular, saltar, correr, pegar itens e destruir muitos inimigos para vencer o jogo.
Neste remake, nosso herói robot deve destruir seus inimigos e pegar as cápsulas de energia para recuperar suas forças e continuar a jogar. Os controles de Megaman final 3 - The Legacy Lives On são básicos. Para mover Megaman na plataforma use as setas do teclado, aperte a tecla “A” para atirar e “S” para pular.