Ultimate Prison 2099 é um jogo de tiro em primeira pessoa onde você é um agente especial enviado para salvar a humanidade de uma catástrofe nuclear iminente. A estação espacial prisional Ultimate Prison, abrigo dos piores terroristas foi invadida por uma força alienígena em 2094. Em 2099 a Agência de Segurança Internacional (A.S.I) recruta seu melhor soldado para recuperar a ordem naquele local.

Uma enzima nano-mecânica transformou: carne, ossos e a perversidade dos terroristas, em ciborgues assassinos de titânio. O computador da estação enviou um pedido de socorro e informou a presença de uma bomba que poderá destruir toda a estação e espalhar 100 toneladas de urânio por toda a face da terra. Nem tudo foi convertido em ciborgues assassinos, salve civis entre os possuídos de titânio.

Ultimate Prison 2099 conta com um pesado armamento que evolui a cada conquista de território e cenas sombrias dos escuros e assustadores níveis da estação espacial em órbita da terra.

Sobreviver a essa aventura pode se tornar uma missão impossível para os mais experientes e destemidos soldados.